Desde el inicio de la exploración del sitio arqueológico en la segunda mitad del siglo XX, fue evidente que sería necesario contar con un espacio adecuado para la preservación de las piezas descubiertas.
En 2005, se llevó a cabo el diseño del edificio, basándose en el precepto del caracol del tiempo. Este diseño tuvo en cuenta la regla áurea presente en la naturaleza, así como la conexión con los antepasados.
La construcción inició en 2007, pero debido a diversos factores legales, la ejecución se complicó, llegando a quedar detenida y, con el paso del tiempo, el proyecto cayó en el abandono por más de una década.
Finalmente, a mediados de 2022 se retomó la construcción y en noviembre de 2023 el museo abrió sus puertas al público.